COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 2.278901 2.278901 2.472040
2021-06-20 17:00:00 2.231679 2.231679 2.553381
2021-06-19 17:00:00 2.156796 2.156796 2.619583
2021-06-18 17:00:00 2.318952 2.318952 2.700762
2021-06-17 17:00:00 2.665138 2.665138 2.791679
2021-06-16 17:00:00 2.876397 2.876397 2.881215
2021-06-15 17:00:00 2.260976 2.260976 2.953316

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 2.512563 13.065327 2.628547
2021-06-20 17:00:00 1.749838 1.749838 2.534716
2021-06-19 17:00:00 1.715686 3.240741 2.519473
2021-06-18 17:00:00 1.781896 1.781896 2.515479
2021-06-17 17:00:00 2.231237 2.231237 2.544945
2021-06-16 17:00:00 2.803738 2.803738 2.641809
2021-06-15 17:00:00 2.401372 2.401372 2.665993

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 4.878049 1.428571 6.473766
2021-06-20 17:00:00 13.235294 13.235294 6.637973
2021-06-19 17:00:00 4.391892 4.391892 6.475652
2021-06-18 17:00:00 4.861111 4.861111 6.610934
2021-06-17 17:00:00 10.097720 10.097720 6.770650
2021-06-16 17:00:00 6.751055 6.751055 6.911177
2021-06-15 17:00:00 9.090909 9.090909 7.137515

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 2.247191 0.958084 2.747321
2021-06-20 17:00:00 3.716449 3.716449 2.810373
2021-06-19 17:00:00 4.946524 3.008021 2.888961
2021-06-18 17:00:00 3.543488 3.543488 2.943723
2021-06-17 17:00:00 3.209302 3.209302 3.019002
2021-06-16 17:00:00 2.896007 2.896007 3.143273
2021-06-15 17:00:00 1.580247 1.580247 3.170061

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 12.449799 47.791165 9.994328
2021-06-20 17:00:00 9.658422 9.658422 8.921051
2021-06-19 17:00:00 6.414398 6.414398 7.660623
2021-06-18 17:00:00 4.881387 4.881387 6.742953
2021-06-17 17:00:00 9.022039 9.022039 5.999164
2021-06-16 17:00:00 16.356513 16.356513 5.337310
2021-06-15 17:00:00 18.085106 18.085106 4.832985

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 9.782609 9.782609 5.927104
2021-06-20 17:00:00 6.013180 6.013180 6.100912
2021-06-19 17:00:00 6.296547 6.296547 6.152994
2021-06-18 17:00:00 4.637492 4.637492 6.341613
2021-06-17 17:00:00 6.425993 6.425993 6.512217
2021-06-16 17:00:00 3.935310 3.935310 6.540028
2021-06-15 17:00:00 2.323330 2.323330 6.599186

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.186133 1.180907
2021-06-20 17:00:00 0.608167 0.608167 1.211759
2021-06-19 17:00:00 0.918555 0.918555 1.325790
2021-06-18 17:00:00 2.180095 2.180095 1.397615
2021-06-17 17:00:00 2.024648 2.024648 1.548123
2021-06-16 17:00:00 2.777778 2.777778 1.627603
2021-06-15 17:00:00 1.096892 1.096892 1.784013

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 3.347478 3.347478 3.166772
2021-06-20 17:00:00 2.375131 2.375131 3.227117
2021-06-19 17:00:00 2.594400 2.594400 3.316076
2021-06-18 17:00:00 4.603821 4.603821 3.405747
2021-06-17 17:00:00 2.928870 2.928870 3.520455
2021-06-16 17:00:00 3.770103 3.770103 3.614489
2021-06-15 17:00:00 2.957393 2.957393 3.526274

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 1.109570 1.109570 1.311137
2021-06-20 17:00:00 1.453958 1.453958 1.269614
2021-06-19 17:00:00 7.909605 1.248885 1.272620
2021-06-18 17:00:00 1.545894 1.545894 1.236440
2021-06-17 17:00:00 1.491301 1.491301 1.262404
2021-06-16 17:00:00 1.127214 1.696284 1.254854
2021-06-15 17:00:00 0.601504 0.601504 1.265282

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 1.367606 0.674852 1.279610
2021-06-20 17:00:00 1.154275 1.154275 1.350270
2021-06-19 17:00:00 1.064387 1.487926 1.408181
2021-06-18 17:00:00 0.859793 0.859793 1.472081
2021-06-17 17:00:00 1.799007 1.799007 1.571053
2021-06-16 17:00:00 2.126952 2.126952 1.654401
2021-06-15 17:00:00 1.528769 1.528769 1.740293

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.422166
2021-06-20 17:00:00 1.547988 1.547988 1.537220
2021-06-19 17:00:00 1.357082 1.357082 1.651037
2021-06-18 17:00:00 2.522523 2.522523 1.789336
2021-06-17 17:00:00 1.772152 1.772152 1.934466
2021-06-16 17:00:00 2.165795 2.165795 2.030755
2021-06-15 17:00:00 1.437556 1.437556 2.136982

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.767322
2021-06-20 17:00:00 2.558635 2.558635 1.697573
2021-06-19 17:00:00 1.763224 1.763224 1.645543
2021-06-18 17:00:00 2.090592 3.208556 1.540709
2021-06-17 17:00:00 2.222222 1.043025 1.473430
2021-06-16 17:00:00 0.254453 0.254453 1.379492
2021-06-15 17:00:00 2.673797 2.673797 1.339105

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 4.545455 12.121212 4.002096
2021-06-20 17:00:00 5.298013 5.298013 4.020596
2021-06-19 17:00:00 4.469274 4.469274 4.297570
2021-06-18 17:00:00 6.428571 6.428571 4.063522
2021-06-17 17:00:00 8.154506 3.648069 4.097833
2021-06-16 17:00:00 4.444444 4.444444 4.069817
2021-06-15 17:00:00 1.415094 1.415094 4.085064

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 1.197605 0.311284 0.817749
2021-06-20 17:00:00 0.521512 0.521512 0.887682
2021-06-19 17:00:00 0.849257 0.849257 0.938022
2021-06-18 17:00:00 1.246106 1.246106 1.083665
2021-06-17 17:00:00 1.710731 1.710731 1.178228
2021-06-16 17:00:00 0.505689 0.505689 1.385094
2021-06-15 17:00:00 1.258993 1.258993 1.555732

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 0.920387 2.876208 1.325626
2021-06-20 17:00:00 0.822499 0.822499 1.363201
2021-06-19 17:00:00 0.876145 0.876145 1.400146
2021-06-18 17:00:00 0.974954 0.974954 1.484350
2021-06-17 17:00:00 1.466395 1.466395 1.590894
2021-06-16 17:00:00 1.666667 1.666667 1.707175
2021-06-15 17:00:00 1.374633 1.374633 1.800061

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 1.660839 1.660839 5.164331
2021-06-20 17:00:00 7.627119 7.627119 5.383393
2021-06-19 17:00:00 5.754717 5.754717 5.714446
2021-06-18 17:00:00 4.746977 4.746977 5.949877
2021-06-17 17:00:00 5.232558 5.232558 6.008720
2021-06-16 17:00:00 6.345609 6.345609 6.422152
2021-06-15 17:00:00 7.777266 7.777266 6.494387

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.692042 0.884573
2021-06-20 17:00:00 0.812274 0.812274 0.902503
2021-06-19 17:00:00 0.731159 0.731159 0.949852
2021-06-18 17:00:00 0.494743 0.494743 0.984796
2021-06-17 17:00:00 0.147493 0.147493 0.990285
2021-06-16 17:00:00 1.715511 1.715511 1.068570
2021-06-15 17:00:00 1.403957 1.403957 1.090208

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 3.591044 7.139839 4.388100
2021-06-20 17:00:00 5.308691 5.308691 4.398601
2021-06-19 17:00:00 4.144960 4.144960 4.446734
2021-06-18 17:00:00 4.855755 4.855755 4.475269
2021-06-17 17:00:00 4.426325 4.426325 4.527029
2021-06-16 17:00:00 2.670482 2.670482 4.594064
2021-06-15 17:00:00 3.248335 3.248335 4.683170

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 2.304147 0.933513 1.329095
2021-06-20 17:00:00 1.380176 1.380176 1.415027
2021-06-19 17:00:00 1.347240 1.347240 1.526101
2021-06-18 17:00:00 1.329629 1.329629 1.623612
2021-06-17 17:00:00 1.103956 1.103956 1.743403
2021-06-16 17:00:00 2.061856 2.061856 1.833080
2021-06-15 17:00:00 1.093211 1.093211 1.903599

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 1.428571 1.428571 3.340350
2021-06-20 17:00:00 6.699752 6.699752 3.269597
2021-06-19 17:00:00 1.980198 1.980198 3.326055
2021-06-18 17:00:00 3.178484 3.178484 3.279619
2021-06-17 17:00:00 4.051173 4.051173 3.378537
2021-06-16 17:00:00 2.251407 2.251407 3.396392
2021-06-15 17:00:00 3.354633 3.354633 3.498343

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 0.000000 6.944444 2.011402
2021-06-20 17:00:00 1.951220 1.951220 1.888745
2021-06-19 17:00:00 1.657459 1.657459 1.832464
2021-06-18 17:00:00 1.428571 1.428571 1.840373
2021-06-17 17:00:00 3.030303 3.030303 1.839951
2021-06-16 17:00:00 0.961538 0.961538 1.880784
2021-06-15 17:00:00 1.840491 1.840491 2.046117

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-21 17:00:00 0.778210 0.778210 3.236398
2021-06-20 17:00:00 1.893664 1.893664 3.520317
2021-06-19 17:00:00 3.393798 3.393798 3.708712
2021-06-18 17:00:00 3.638201 3.638201 3.933586
2021-06-17 17:00:00 2.939759 2.939759 4.139746
2021-06-16 17:00:00 3.619130 3.619130 4.374371
2021-06-15 17:00:00 1.082504 4.459174 4.690337

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.512563 13.065327 2.628547
Basilicata 4.878049 1.428571 6.473766
Calabria 2.247191 0.958084 2.747321
Campania 12.449799 47.791165 9.994328
Emilia-Romagna 9.782609 9.782609 5.927104
Friuli Venezia Giulia 0.692042 0.186133 1.180907
Lazio 3.347478 3.347478 3.166772
Liguria 1.109570 1.109570 1.311137
Lombardia 1.367606 0.674852 1.279610
Marche 0.000000 0.000000 1.422166
Molise 0.000000 0.000000 1.767322
P.A. Bolzano 4.545455 12.121212 4.002096
P.A. Trento 1.197605 0.311284 0.817749
Piemonte 0.920387 2.876208 1.325626
Puglia 1.660839 1.660839 5.164331
Sardegna 0.692042 0.692042 0.884573
Sicilia 3.591044 7.139839 4.388100
Toscana 2.304147 0.933513 1.329095
Umbria 1.428571 1.428571 3.340350
Valle d'Aosta 0.000000 6.944444 2.011402
Veneto 0.778210 0.778210 3.236398

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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